Sau năm 1975, Hoài Châu là một xã thuộc huyện Hoài Nhơn.

Ngày 7 tháng 11 năm 1986, chia xã Hoài Châu thành hai xã lấy tên xã Hoài Châu và xã Hoài Thuận (nay là xã Hoài Châu Bắc).[3]

Sau khi điều chỉnh, xã Hoài Châu có 2.326 ha diện tích tự nhiên và 7.912 người.

Ngày 1 tháng 6 năm 2020, thành lập thị xã Hoài Nhơn trên cơ sở toàn bộ diện tích và dân số của huyện Hoài Nhơn[4]. Xã Hoài Châu thuộc thị xã Hoài Nhơn như hiện nay.